概念图和思维导图的核心共同点，可以用“可视化”、“非线性”和“认知工具”来概括。事实上，“概念图”和“思维导图”的关系一直被争论，存在着“等同论”、“不同论”和“无需区分论”，以前国内较多文章认为两者完全一样，只是名称不同而已。对二者进行辨析，其在历史渊源、定义、对知识的表达能力、创作方法、表现形式和应用领域等方面存在明显差别。其后，将二者加以区分的研究呈现上升的趋势。2006年，杨凌从定义、知识表征的方式、创作的方法等角度进行了比较。Davies则对概念图、思维导图和论证图（argument mapping）这三种不同的认知工具进行了深入的比较。但另一方面，将二者混同的现象依然存在，而且还比较严重。
随着笔者对概念图和思维导图应用和理解的不断深入，二者的差异在使用中也显得越来越清晰。概念图和思维导图的核心差异主要在以下几个方面：
1）直接目的不同。概念图的目的是表征知识，思维导图的目的是激发和整理思考。直接目的的不同也就引起了各自在对方功能领域显得要弱一些。如概念图在激发和整理思考方面没有思维导图方便高效，思维导图在表征知识方面也没有概念图清晰完备。
2）理论依据不同。概念图以认知心理学的有意义学习理论为理论依据，强调学习是新旧知识的连接。思维导图则以神经心理学为依据，认为思维 是神经元及神经元之间的连接。这就导致概念图极其重视连接和连接词，而思维导图则注重颜色、线条、联想、想像。在不同的理论指导下，各自的关键特征也就存 在着差异，概念图可以用概念、关系、连接词、命题、层次等描述，思维导图则可以用节点、分枝、颜色、图标、代码等来描述。概念图的连接词、命题等关键特征 思维导图并不关心，而思维导图的颜色、图标、代码等特征概念图也不关心。
3）评判标准不同。概念图表征的是客观的知识体系，有对错之分；思维导图反映的是主观的想法，每个人的思维方式不同，无对错之分。所以，概念图可以作为评价工具，甚至有学者提出以专家图作为评价的依据；但思维导图是无法给出个评价的专家图的。
因此，我们可以得出结论：在要进行思维的激发、整理等一般性工作时，思维导图是合适也是能胜任的；但在概念较多且关系复杂的情况下，概念图更能深刻的表示知识体系及其内部关系。
